Hay muchas razones para ese problema,yo lo tengo y he hecho de todo lo razonable para salir de él, se sabe o está catalogado como "bug" que trae ya desde hace bastante tiempo y lo puedes ver aqui
https://bugs.mojang.com/browse/MC-34947, algunos han encontrado soluciones de distintas formas, pero aun así no del todo , pero al parecer cada caso es distinto, en lo personal para saber con respecto a cuales servidores o mas bien hosting me va y cual no, entro en ellos de uno en uno y de distintos lugares, ha calzado que con los que mayor problema lamentablemente son todos premium hosteados en francia, así que asumo que lo mio va relacionado a mi servicio internet y ping altisimos, ya que relacionado al router le he abierto puertos y todo para tratar de solucionarlo, puedes checkar el tuyo aquí
http://www.yougetsignal.com/tools/open-ports/ , lo que es yo hasta ahora ni modo que lo pueda solucionar..
Si buscas Internal Exception: io.netty.handler.timeout.ReadTimeoutException en youtube, veras la cantidad de videos relacionados a ello.
Suerte y que lo tuyo sea en menor grado y logres ver de que se trata y por supuesto salir del mal