No se si entendí bien. Pero lo que quieres es un programa que pueda ejecutar otros programas y acciones remotamente. Pero con la característica de no molestar a la persona que esté usándola. Un problema es que la mayoría de las aplicaciones hoy en día no tienen un gran soporte de linea de comandos. Así de esta manera no molestas al usuario que la esté usando porque todo se ejecutaría en el background. Pero el problema es ese, las GUI de los programas son mucho más completas y más fáciles que lineas de comandos. Bien puedes investigar un poco y hacer tus propios macros y ejecutarlos remotamente. Pero hice un poco de googoling, con las palabras Virtual, Remote y Desktop. Y en Wikipedia apareció que esta tecnología se le llama Virtual Desktop Infraestructure, que es el futuro porque nos permitiría estar con nuestros móviles y tener el mundo en él sin siquiera tener almacenado nada en él. - La tirada de las chrome book -
Bueno. Hice otra búsqueda que me arrojó algunos programas para hacer esto. Pero esto ya te lo dejo a tu tarea.
Te dejo el nombre de algunos programas para que hagas tu búsqueda: VMware View 4.6, Citrix XenDesktop 5, Microsoft VDI (RemoteFX) y Quest vWorkspace 7.2.
Al parecer el tema es un poco más complicado ya que estos programas están pensados para una gran escalabilidad, he ahí su complejidad.
Deberías que puedes hacer con el programa de Windows de Escritorio Remoto. Nunca lo he usado. Parece que tiene algo de lo que pides.
Divagando un poco más, creo que esta es la tirada de los Nexus con su limitado espacio de almacenamiento. No sé.
Espero haberte ayudado un poco. De todas maneras TeamViewer es una buena opción, la más sencilla por lo menos.