Efectivamente es un bug relacionado con el lag. Cuando tu tomas o dejas un objeto de un baul, tu cliente de minecraft registra la accion, y la envia al servidor, pero por problemas en la conexion, ese mensaje no llega al servidor. El resultado es que tu cliente de minecraft se piensa que realizaste la accion, mientras que el servidor no.
Pero aqui el que manda es el servidor, asi que mientras el servidor no se de cuenta de que dejaste o tomaste algo del baul... sera como si no hubiera ocurrido.
Conclusion: Esperemos que los de mojang corrijan esto, haciendo que el cliente no te quite el objeto del inventario o del baul hasta que haya recibido respuesta del servidor de que la accion se ha ejecutado correctamente...