Voy a poner ideas llevadas al extremo.
Como mesa de encantamiento se suele usar la del spawner de endermans, esta justo al lado de la experiencia. Perfecto quitarlo.
Da lag el numero de bloques, los transparentes dan lag porque le juego carga todos los bloques a su alrededor, pero una edificio de muchos pisos tambien da lag porque se debe cargar el suelo/techo de cada zona. Creo que tapar las cuevas que hay bajo la ciudad sería aconsejable, porque no se pueden usar y el juego las carga igualmente (un fallo de chunk y vereis que estan ahi).
Lo mismo eliminar el subsuelo del spawn que no se usa, no se porque lo vaciasteis de las granjas que había. E incluso limpiar los cofres de la gente que hace mucho que no se conecta.
E incluso un poco el techo del spawn, esa escaleras se pueden quitar y dejar un hueco o rellenarlo. No veo tan importante subir al techo.
No se si los bloques de redstone deben ser actualizados, mirando si algun bloque cercano necesita electricidad pero se puede dejar un glowstone siempre prendido.
Creo recordar que en el suelo habia medios slabs, esu n lboque transparente asi que carga lo que hay debajo, con añadir la otra mitad el doble slab es un bloque opaco que no da lag

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Sobre animales:
Las Vacasetas dan lo mismo que las vacas y más, se pueden eliminar. Es el mejor animal.
Los cerdos dan carne de cerdo, que alimenta igual que la carne de las vacas, se pueden suprimir porque la variedad da lag. Dejais 2 por si alguien quiere criar y montar un cerdo y listo.
Los pollos se pueden encerrar en un hueco de 3x3 y se ponen 9 hoppers, así siempre producirán huevos. No veo motivo de matar pollos siendo las vacas mas nutritivas, y las plumas solo se usan para libros y fuegos artificiales.
Solo son ideas que se me han ocurrido.