Hola y bienvenido.
Son buenas sugerencias, pero se nota que eres nuevo en el servidor. Desde hace ya bastantes años y versiones los hoppers funcionan como están y no ha sido mucho problema, porque, de cualquier forma, los circuitos de redstone grandes no están permitidos, ni hablar de los relojes (cosa que creo necesitas para tu almacén automático). Considera que la versión que ahora tenemos (que no tiene nada que ver con el funcionamiento del server) es bastante inestable, lo que provoca que se pegue el juego por casi cualquier cosa (o abuso de los usuarios).
Lo de los mods, por allá en la versión 1.8 fue una situación muy muy similar, y se tuvo que reducir el render de entidades para darle estabilidad al juego. Cuando salió la siguiente versión (la cual no recuerdo cual fue en realidad, pudo haber sido la 1.9 o la 1.11), y se notó que era muchas veces mas estable, se aumentó nuevamente el render unos cuantos boques más (al menos ya salían slimes). Eso si, jamás ha sido igual que en offline y tendrás si o si que acostumbrarse a eso. Lo de los mods limitados eso siempre ha sido así. Si quieres cazar mobs, te recomiendo irte a exploración muy muy alejado del spawn (unos 30 k), construyas una isla de 60x60 en medio del oceano profundo, parate a medias, y no pongas luz, y ya me dices si no salen mobs.
Por la parte de los slimes, construye una granja, de esas que se hacen limpiando una zona por ahí en la capa 20 (aplana una graaan superficie y con suerte le atinas a un slime chunk), parate encima y espera, en algún momento saldrán. Otra cosa es que te juntes con varias personas y "carguen" un pedazo grande del pantano (distribuyanse) y esperen a ver si les salen algunos.
Saludos