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No estoy seguro al 100% pero es posible que el límite de entidades por chunk que hay establecido esté bloqueando la reproducción de nuevos aldeanos. Si no es eso, puede ser que tengas que volver a quitar/poner las mesas de trabajo o camas del reproductor, a veces las villas se buguean haciendo que haya que “reconstruirlas”
El motivo de la desaparición de los golems puede ser por que hayan muerto por zombies o por alguna otra razón, a no ser que algún otro jugador los haya matado, aunque si dices que estás tú solo lo veo menos probable.
Un saludo.