Sumando un poco lo que está pasando yo reporto lo siguiente:
Si transformas, por ahogamiento, a un husk, al convertirse en Zombie este desaparece, como lo reportado por los spawner. Esto es, en cuanto el zombie toca tierra, desaparece. No he podido verificar si sucede lo mismo de zombie hacia ahogado.
Ahora bien, tengo un spawner de araña de cueva y ese sigue funcionando con normalidad, no he probado los de blaze/zombie/esqueleto que tengo.
Edit1: Probé lo de zombie, esqueletos, blaze. Sucede lo mismo, desaparecen al salir.
También, todos los mobs del nether, excepto los whiter skeleton, desaparecen al salir.
Saludos.