Eso es un fallo de minecraft en si, no del servidor, yo he conseguido reproducirlo incluso en local
Es relativamente simple, no se ha cargado el chunk a tiempo, y por eso no ves nada (o se ha cargado mal)
Se soluciona al forzar la recarga del chunk o chunks en cuestion, esperando, o reiniciando la recarga, como haces al salir y entrar