¿Estaras intentando atracar el docking port del lateral?
Prueba a girar la nave en diferentes ejes, y a ver en que momento aparecen las guias de atraque. Si no las ves en el menú de docking, es que no estan en linea los dockings ports correspondientes.
No se me ocurre otra cosa que algun problema al reconocer que docking port es el que intenta acoplarse, lo demás esta perfecto.