Tengo una pequeña laguna junto a mis granjas y demás estructuras. Algunos bloques de agua están en movimiento ya que excavé para darle forma la laguna y poder aprovechar mejor el terreno.

¿Hay alguna forma de hacer que el agua se estanque?

SI, hecha mas agua

El caso es que llega un momento en que me vacía el cubo pero no modifica nada la corriente

No se trata de echar agua donde ya la hay.

Mira a donde se dirige la corriente, y trata de soltar ahi el agua.
Si hay una zona donde ves el nivel del agua mas bajo, eso significa que ese agua proviene de otro cubo y tendrás que rellenar la zona para que tenga su propio cubo generador de agua.
Soltar agua donde ya hay un bloque generador de agua es inutil, el agua de minecraft no funciona como el agua del mundo real.

Si quieres probar otro metodo rellena la laguna de tierra.
Quita un cubo de tierra y rellena con agua, asi con cada uno de ellos.
Empieza por la capa de abajo del todo, cuando este completa pones tierra en el siguiente nivel y vas retirando y rellenando con agua, así hasta completar toda el agua.

Es posible que en algunas zonas proximas a 2 bloques de agua automaticamente se genere un nuevo bloque. Es la forma de generar agua infinita. Por ejemplo cualquier esquina de esta foto se recuperará automaticamente en cuando saques el agua, ya que hay 2 bloques anexos que lo regeneran. Pon uno de esos 3x1 o 2x2 bloques de agua cerca para regenerar rapidamente y no tener que buscar agua muy lejos.
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