Tengo una granja que junta 5 hoppers en un cofre y no pasa los item de un hoppers a otro.
He puesto el comando (/lwc flag hoppers on) para haber si funciona en el cofre y tampoco me funciona.

Según veo en la imagen das señal de redstone a los raíles propulsores con bloques de redstone, esos bloques están dando señal de redstone en todas las direcciones, incluidos los hoppers, lo que impide que pasen los objetos de unos a otros.

Saludos!

Tal y como te ha dicho Nike, tienes los hoppers bloqueados con la redstone.

Cuando un hopper recibe redstone, el traspaso de items se bloquea. Esta lógica es muy usada en circuitos de redstone.

Si quieres usar el mismo posicionamiento de hoppers y raíles que en la imagen, yo cambiaría el bloque de redstone justo encima del raíl propulsor. Seguirías dando pulso de redstone a los raíles, las vagonetas pasarían igualmente y evitarías que los hoppers se bloqueen

Un saludo