He estado últimamente haciendo un generador de aldeanos. Pero al dar una poción de debilidad y una manzana dorada a un zombie, al cabo de un rato desaparece. Ya no se que hacer para conseguir aldeanos.

El servidor elimina entidades cada 10 minutos como los enemigos para disminuir el lag.
Tienes 2 formas.

O calculas el momento exacto en el que el plugin a hecho una limpieza, y haces el proceso (2-5 minutos)
O usas un nametag con el zombie, al menos en singleplayer no se eliminan los mobs que han sido renombrados.

Pd. Supongo que lo estes usando con un zombie villager y no con un zombie normal.

No importan las nametags o items en mano, el plugin eliminina TODAS las entidades hostiles y de bloques/items en el suelo mientras el chunk este cargado. De todas formas si pones una cama y barras de hierro cerca del zombi la transformación acabará un poco antes.

1.- Luriant trata de decir, no que si tienes un nametag en la mano no elimina al zombie, trata de decir, que le pongas un nametag al zombie( ponerle un nombre)

2.- Solo por preguntar, que tiene que ver una cama y barras de hierro? xd

http://www.mundo-minecraft.com/foro/viewtopic.php?f=13&t=2956&view=unread#p28401

Parece ser que soluciono su problema, aunque no dijo como :P .